I protagonisti sono quattro tartarughe mutanti, semplici animali da acquario divenuti antropomorfi e senzienti dopo l’ esposizione ad un liquame radioattivo , che ne ha modificato il codice genetico.. Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo sono cresciuti nelle fogne di NEW YORK, nascosti agli esseri umani, dove sono stati addestrati alle pratiche del ninjitsu dal Maestro Splinter, un grosso topo mutante. Egli, prima della contaminazione, apparteneva all’ immigrato giapponese Hamato yoshi , di cui per anni osservò gli allenamenti di arti marziali. L’ anziano Splinter svolge per le Tartarughe Ninja un ruolo paterno, tramandando tutta la sua conoscenza in fatto di ninjitsu e dando loro i nomi di grandi maestri del Rinascimento italiano. Compiuti quindici anni i quattro fratelli iniziano a salire in superficie, restando sempre nascosti fra le tenebre della notte, e mettendo segretamente giustizia tra i criminali come imposto dal codice del Bushido. Questa guerra alla criminalità li porterà a fronteggiare il Clan del piede, una potentissima setta composta da abilissimi guerrieri ninja che gestiscono la malavita organizzata della metropoli. Il leader di questo gruppo, per la robusta corazza metallica rivestita di lame, viene chiamato Shredder, ma la sua vera identità è quella di Oroku Saki, ricco imprenditore di origini giapponesi nonché assassino del maestro Yoshi.